Кәсіпорын қызметін тиімді басқару мақсатында «Ембімұнайгаз» АҚ-да ISO 9001, ISO 14001, ISO 45001, ISO 50001 халықаралық стандарттарына сәйкес, Интеграцияланған басқару жүйесі енгізілген. 2023 жылдың желтоқсан айында «Ембімұнайгаз» АҚ ISO 9001:2015, ISO 14001:2015, ISO 45001:2018, ISO 50001:2018 халықаралық стандарттарының талаптарына сәйкес менеджмент жүйесінің қайта сертификаттау аудитінен өтіп, 2026 жылдың желтоқсанына дейін жарамды сәйкестік сертификаттарын алды.