В целях эффективного управления деятельностью предприятия, АО «Эмбамунайгаз» придерживается интегрированной системы менеджмента в соответствии с международными стандартами ISO 9001, ISO 14001, ISO 45001, ISO 50001. В декабре 2023 года в АО «Эмбамунайгаз» прошел ре-сертификационный аудит системы менеджмента по требованиям международных стандартов ISO 9001:2015, ISO 14001:2015, ISO 45001:2018, ISO 50001:2018, и получены сертификаты соответствия сроком действия до декабря 2026 года.